Nach Deiner Beschreibung kann es nur im Zündungsbereich liegen. Überprüf doch mal alles von der Batterie beginnend (auch die Masseverbindung) zum Zündschloss zum Killschalter und wie jemy schon schreibt den Ständerkontakt. Pickups denke ich mal nicht, weil es unwahrscheinlich ist, dass beide zeitgleich kein Sinussignal liefern.
Solltest Du damit den Fehler nicht eingrenzen können, leg vorübergehend an beide Zündspulen separat Spannung direkt von der Batterie an und fahr ne Proberunde. Ist es weg, bestätigt sich die erste Annahme - wenn nicht, poste nochmal.
Aber: lass die Zündspulen nicht zu lange ungesichert an der separaten Leitung.
Eine Rückmeldung wäre für alle user interessant.